Une identité intimement liée aux espaces naturels
La grande majorité des milieux d’intérêt européen sont typiques du territoire de la Sologne car ils contribuent significativement à son identité paysagère.
Ces milieux sont souvent de faible superficie mais ils sont présents sur l’ensemble du périmètre du site, justifiant son étendu. 
Une richesse principalement liée aux milieux ouverts et aux milieux humides
Les enjeux de préservation de la biodiversité sur le site Sologne sont essentiellement liés à la conservation de la mosaïque créée par les milieux « ouverts » (landes, pelouses et prairies), les milieux humides (tourbières, étangs, marais) et les milieux forestiers.
Cette mosaïque permet l’existence d’une faune et d’une flore à la fois spécifiques et variées, donc de maximiser la biodiversité.
Une menace : l’abandon de la gestion traditionnelle des espaces naturels solognots
Les milieux ouverts et des milieux humides connaissent un boisement sans précédent depuis la deuxième moitié du vingtième siècle.
On observe alors une uniformisation du paysage et une banalisation de la faune et de la flore.
Ce phénomène est le résultat de la disparition progressive de l’agriculture extensive et de la gestion traditionnelle des étangs.
